Membran Yıkama Üniteleri, belirli zaman aralıklarında oluşabilecek membran tıkanmasına karşı membranları yıkamak üzere dizayn edilen ünitelerdir. Membran yüzeyi sülfat, karbonat, silika vb. kimyasal tuzlarının kristalleşerek çökelmesi sonucu oluşan bir tabaka ile kaplanır. Bu tuzlar membranın gözenek ve kanallarını tıkayarak üretim verimini düşürür. Tıkanma, yıkama işlemiyle giderilebilmektedir. Yıkama esnasında, TO üniteleri devre dışı bırakılmak zorundadır. Yıkama işlemi tüm membranlara uygulanabileceği gibi kirliliğin miktarına göre tekli membran kılıfı ile tek tek de uygulanabilmektedir. Membranlarda tespit edilen kirlilik tiplerine göre belirlenmiş olan yıkama prosedürleri uygulanmaktadır. Yıkama işlemindeki en önemli konu membranlar üzerindeki tıkanmanın cinsini tespit etmek ve bu tıkanmayı çözecek kimyasal solüsyonu kullanmaktır.